طایفه «حاجی میرعابدین‏» شاخه‏ای از سادات طباطبایی می‏باشند که نسب آنان به سید بهاء الدین حیدر می‏رسد . همان سید وارسته‏ای که در مقابل هجوم مغولان به شهر زواره مقاومت نمود و در خانه خویش به شهادت رسید (1) .
سید اسماعیل طباطبایی از معاریف این خاندان در منطقه زواره و اردستان به شمار می‏رفت و با خدیجه طباطبایی که دختری از طایفه سید سالار زواره بود، ازدواج کرد . ثمره این پیوند پاک کودکی بود که در سال 1287 ه . ق .(1249 ه . ش) دیده به جهان گشود و اهل خانه را در نشاط و وجد فرو برد . این طفل دوران صباوت را در خانواده‏ای سپری کرد که چشمه فضیلت را در کویر جاری ساخته بودند (2) . پدر به جنبه‏های روحی و پرورشی این کودک همت گماشت و کوشید تا او را که سید حسن نام داشت‏به صورت انسانی صالح و رها از وابستگی‏های دنیایی و امور فناناپذیر پرورش دهد .سید اسماعیل طباطبایی از معاریف این خاندان در منطقه زواره و اردستان به شمار می‏رفت و با خدیجه طباطبایی که دختری از طایفه سید سالار زواره بود، ازدواج کرد . ثمره این پیوند پاک کودکی بود که در سال 1287 ه . ق .(1249 ه . ش) دیده به جهان گشود و اهل خانه را در نشاط و وجد فرو برد . این طفل دوران صباوت را در خانواده‏ای سپری کرد که چشمه فضیلت را در کویر جاری ساخته بودند (2) . پدر به جنبه‏های روحی و پرورشی این کودک همت گماشت و کوشید تا او را که سید حسن نام داشت‏به صورت انسانی صالح و رها از وابستگی‏های دنیایی و امور فناناپذیر پرورش دهد .
گوئی این طفل از همان دوران کودکی به صورت نابغه‏ای شگفت پرورش می‏یافت و استعدادش را چنان به کار می‏گرفت که از هر موقعیت و لحظه‏ای نکته‏ها می‏آموخت و اندوخته‏های خویش را با نگرش‏های توام با دقت و عبرت غنی می‏ساخت، چنانکه خود در خاطره‏ای می‏گوید: «روزهای کودکی من ساعات و دقایق پر بار و آموزنده‏ای بود بخصوص سفر از کچو [مجاور روستای سرابه که محل نشو و نمای مدرس بود]، گذشتن از اردستان، زواره و آبادی‏های اصفهان و مشاهده فقر، محرومیت و ذکاوت مردم این نواحی، شوق زندگی را در کالبدم بیدار می‏کرد، پدر و جدم زندگی زاهدانه و محترمانه‏ای داشتند . آنان قناعت را به حد کمال، رکن زندگی خود قرار داده بودند (3) .»
استعداد خارق العاده، اشتیاق و آموزه‏های پدر موجب گردید تا سید حسن حتی در دوران طفولیت از هر منظره‏ای نتیجه‏ای عالی بگیرد . او درباره آفتابگردان که در محیط روستا و مزارع موطن خود دیده بود، چنین برداشتی دارد:
«باید مانند آفتابگردان در تاریکی، دیده را در انتظار طلوع خورشید به افق دوخت و با حرکت نور آن حرکت کرد . من عاشقی بهتر و پایدارتر از گل آفتابگردان سراغ ندارم . باید همچون این درخت تک ساله چشم به گرمی و حرارت نور دوخت تا پخته و مایه حیات گردید . (4) »
گل وجود مدرس که رایحه فضیلت را در بر داشت و در پیمانه قرآنی و روایی شکل گرفت و دو باغبان وارسته و اهل بصیرت و معرفت‏یعنی پدرش و جدش (میر سید عبدالباقی) برتربیتش نظارت داشتند، شکوفا گردید و عطر روح نوازش مشام جان مشتاقان معرفت را نوازش داد (5) .
سید حسن که همراه پدرش در شش سالگی به قمشه مهاجرت کرده بود، تا سن چهارده سالگی معلومات عربی و فارسی را در این شهر نزد استادانی که در منطقه اشتهار داشتند، فرا گرفت و با دستی تهی از امکانات دنیوی، اما قلبی مشحون از امید و ایمان و نبوغی شگفت و روانی آراسته به اخلاص و اعتماد به نفس برای اقامت در اصفهان و پیگیری تحصیلات راهی این شهر گردید . وی در بهار زندگی و به مدت سیزده سال تمام در این دیار با مجاهدت شبانه روزی به یادگیری معارف دینی و علوم علوی علوی مشغول بود و در این مدت به قول خودش حضور بیش از سی استاد را در علوم گوناگون درک نمود . (6) آیات گرامی آخوند ملا محمد کاشی و جهانگیرخان قشقایی از مربیان وی در عرصه حکمت، فلسفه و عرفان بودند (7) . او در محضر آیات عظام سید محمد باقر درچه‏ای، شیخ مرتضی ریزی و برخی دیگر از معاریف اصفهان در فقه و اصول به درجه اجتهاد رسید و بویژه در اصول چنان مهارتی بدست آورد که تقریرات استاد خود را در این رشته و در سنین جوانی در ده هزار سطر نگاشت (8) .
هنگامی که نهضت تنباکو (سال‏های 1309- 1308 ه . ق) صورت گرفت، شهید آیت الله مدرس در سنین بیست‏یا بیست و دو سالگی به سر می‏برد و اگر چه سخت مشغول تحصیل و فراگیری انواع علوم دینی بود، اما اندیشه‏اش فراتر از قیل و قال مدرسه را نظاره‏گر بود و فضای اجتماعی - سیاسی را بخوبی می‏شناخت و به قول خودش با انعقاد قرار داد استعماری «رژی‏» بین دولت انگلستان و شاه ایران، برای نخستین بار بود که سیاست را با دسیسه‏ها و فریب‏هایش می‏دید و تجربه می‏کرد، جالب آن است که مدرس برای امرار معاش و تامین هزینه تحصیلات خویش به مزارع اصفهان می‏رفت و همراه با مردمان محروم و رنج دیده به کار و تلاش روی زمین‏های زراعتی می‏پرداخت . خودش چنین گفته است:
«در بحبوحه واقعه تنباکو من پنج‏یا شش سال بود که در اصفهان به سر می‏بردم و طلبه‏ای در سطح خارج و غالبا روزهای تعطیل برای تهیه معونه، یک هفته به کار عملگی (کارگری) می‏رفتم . . . روزهایی که به کار کلوخ کوبی می‏رفتم، با کشاورزان صحبت می‏کردم; اغلب از قرارداد راضی بودند . می‏گفتند: شرکت تنباکو به ما قرض می‏دهد که بدهکاری‏های ارباب‏ها را بدهیم و بعد محصول ما را یکجا می‏خرد و پول نقد می‏دهد؟ ! وقتی برایشان می‏گفتم: همه چیز را نمی‏توان به خاطر پول نقد به فرنگیان داد، به فکر می‏افتادند . . . از همان ایام به مطالعه جدی تاریخ اقوام و ملل پرداختم و متوجه شدم که این بحث در دروس ما چه جای خالی دیرینی دارد و مردمی که قرارداد، معاهده، پیمان نامه واین دست آویزهای سیاسی را نفهمند چه روزگار سخت مطبخی خواهند داشت . (9) »
مدرس درباره قیام تنباکو می‏گوید: «واقعه دخانیه، توپی بود که سحرگاه، مردم تیزهوش خفته را بیدار کرد و به طور طبیعی از زلزله شدیدی که متعاقب آن بایستی به وقوع بپیوندد، با خبرشان نمود . عامه مردم خطر را احساس نمودند و چون به علمای مذهبشان اعتقاد داشتند، همراه آنان به حرکت درآمدند . اگر محرک و متحرک با تکیه به هم و عقیده به هم، عالمانه به نفع جامعه، فعالیتی را شروع کنند، خداوند حمایت از آنان را تقبل نموده است . (10) »
مدرس پس از به پایان رسانیدن تحصیلات در اصفهان، به عتبات عالیات عراق رفت و نخست در سامرا به محضر میرزای شیرازی - رهبر قیام تنباکو - رسید و از خرمن معارف او خوشه‏هایی زرین برچید . میرزای شیرازی که متوجه خلاقیت و توان فوق العاده فکری و درک عالی مدرس گردید، درباره این شاگردش گفت: «این اولاد رسول الله صلی الله علیه و آله، پاکدامنی اجدادش را داراست و در هوش و فراست و آگاهی، من را به شگفتی وامی‏دارد . (11) »
مدرس پس از یک سال اقامت در سامرا به نجف رفت و در مدرسه منسوب به صدر این شهر سکونت اختیار کرد و با عارف مشهور، حاج شیخ حسنعلی اصفهانی، معروف به «نخودکی‏» هم حجره گردید . و از حوزه درسی آیات عظام آخوند خراسانی، سید محمد کاظم یزدی، سید محمد فشارکی طباطبایی، شریعت اصفهانی، حاج میرزا حسین خلیلی بهره‏ها برد و مدت اقامتش در عراق، هفت‏سال به طول کشید . ایام مزبور با نهضت مشروطه و مبارزه مردم ایران با استبداد مقارن بود که شهید مدرس این حوادث را در نظر داشت و با دقت و نگرشی ژرف، وقایع این قیام مردمی را که به رهبری عالمان شیعه صورت گرفت مورد تجزیه و تحلیل قرار داد .
مدرس در نجف از چهره‏های معروف علمی حوزه این دیار به شمار می‏رفت و با وجود آنکه مجتهدی جامع الشرایط، صاحب فتوا و لایق مرجعیت تقلید بود، حاضر نگردید رساله عملیه جهت استفاده عموم انتشار دهد . از سوی علمای عراق مرجعیت وی مورد تایید قرار گرفت و مرجعیت و رهبری شیعیان هند به وی پیشنهاد گردید که نپذیرفت و با سری پرشور عازم ایران گردید، این زمان که سال 1318 ه . ق . بود مدرس سی و یک سال داشت (12) .
مدرس در نجف نیز غنای قناعت را پی گرفت و برای تامین احتیاجات زندگی و هزینه تحصیل کار می‏کرد . خودش گفته است: «در نجف روزهای جمعه کار می‏کردم و در آمد آن را نان می‏خریدم و تکه‏های نان خشک را روی صفحه کتابم می‏گذاشتم و ضمن مطالعه می‏خوردم . تهیه غذا آسان بود و گستردن و جمع کردن سفره و مخلفات آن را نداشت . خود را از همه بستگی‏ها آزاد کردم . (13) »
در بدو ورود مدرس به وطن، نخست‏به دیدار اقوام و بستگان در قمشه رفت و پس از آن در اصفهان سکونت اختیار نمود و صبح‏ها در مدرسه «جده کوچک‏» (شهید مدرس کنونی) درس اصول فقه و فقه و عصرها در مدرسه «جده بزرگ‏» درس منطق و شرح منظومه می‏گفت . روزهای پنج‏شنبه نیز با استناد به نهج‏البلاغه، اخلاق تدریس می‏کرد . مهارت و تسلط آن شهید در طرح باحث‏به هنگام تدریس، در حدی بود که به «مدرس‏» مشهور گشت (14) .